差異定量方法比較

TMT/iTRAQ

DIA

數(shù)據(jù)采集方式

DDA

選擇豐度高的離子碎裂，數(shù)據(jù)采集具有一定隨機性； 只能根據(jù)母離子/報告離子定量，無法提取離子對定量，隨機性較大，準確性、重現(xiàn)性較差。

DIA

所有離子完全采集，無數(shù)據(jù)丟失；重現(xiàn)性好；高通量定量分析。

優(yōu)勢

混合上機，質(zhì)譜分析平行性好。

樣本數(shù)量較少，相對定量簡易。

方法成熟，參考文獻豐富，成本較低。

質(zhì)譜操作簡便不需分組分，樣本處理很少，軟件及數(shù)據(jù)庫快速發(fā)展提高效率。

DIA全掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性好，可高通量定量分析更多蛋白。

個體化分析，樣本數(shù)增加，統(tǒng)計學分析更具意義。

樣本基因表達差異影響?。ú煌课?、不同個體的樣本，均能分析）。

局限

基因表達情況接近的樣本（不能跨部位），為消除個體差異帶來的影響，科研上很多時候還需要混樣。

樣品數(shù)受限（≤8標、≤10標）；樣本數(shù)量較多時需設對照分多組，定量分析困難。

DDA掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性較差，獲得的差異定量數(shù)據(jù)，必須進一步驗證。

采用DIA數(shù)據(jù)采集方式，對質(zhì)譜儀器平臺要求高。

數(shù)據(jù)量大，對方法及軟件效率要求高。

若大樣本檢測，檢測成本相對提高。